Fu costruita a metà del IV secolo con il nome di Basilica Apostolorum, sulle catacombe dove, secondo la tradizione, furono custoditi i corpi di Pietro e Paolo qui trasferiti nel 258 dalle necropoli vaticana e ostiense durante la persecuzione di Valeriano e riportati poi nei luoghi di sepoltura originari sessant'anni dopo, quando vennero costruite le basiliche a loro dedicate.  Quando le reliquie di Sebastiano, martire al tempo di Diocleziano, furono trasferite qui, verso il 350, determinarono il nome definitivo assegnato anche alle catacombe. La chiesa fu ricostruita per il Cardinale Scipione Borghese da Flaminio Ponzio e Giovanni Vasanzio tra il 1608 ed il 1613.

Sotto la navata destra della basilica si hanno i resti di una villa a due piani con affreschi del III secolo, che dovrebbe essere stata la sede dei custodi delle catacombe.

San Sebastiano- facciata

prospettiva

particolare delle facciata e campanile

catacombe